Daher gibt sie sich 1920 eine eigene Verfassung und bezeichnet sich nunmehr, nach der endgültigen Abtrennung der Reformierten, als „Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern rechts des Rheins“. Die bisherigen Konsistorien in Ansbach und Bayreuth werden aufgehoben und ihre ganze Verwaltung in München zentralisiert. Ende März 1928 erwirbt die Landeskirche von der von Maffeischen Erbengemeinschaft das Anwesen Arcisstraße 13 als neuen Standort für ein neues Dienstgebäude. Der Architekt Oswald Bieber errichtet zusammen mit Karl Stöhr 1928 bis 1929 das heute denkmalgeschützte Verwaltungsgebäude Katharina-von-Bora-Straße 13 in Form eines italianisierenden Palazzo.

Bei der feierlichen Einweihung am 18. Dezember 1929 hat der damalige Kirchenpräsident D. Friedrich Veit das Dienstgebäude der Landeskirche mit den Worten„zur Ehre Gottes und zum Dienst seiner Gemeinde auf Erden“ in Gebrauch genommen

Jäger erklärt den abwesenden Landesbischof Hans Meiser für abberufen. Den anwesenden Oberkirchenräten, die sich entschieden gegen den Übergriff zur Wehr setzen, wird mitgeteilt, sie seien beurlaubt und hätten Redeverbot. Erst nach kirchlichen Massenprotesten von Pfarrern und Hunderten von Kirchenvorstehern, von denen viele aus Franken angereist sind, wird der Hausarrest für den Landesbischof einige Tage später aufgehoben.

Nach Kündigung der Mieter wegen Eigenbedarfs wird das Gebäude für den Stab des „Hitler-Stellvertreters“ genutzt. Bei den Bombenangriffen 1943 und 1945 werden Teile der Gebäude Arcisstraße 13 zerstört. Der Landeskirchenrat verlegt seinen Dienstsitz zur Landeskirchenstelle nach Ansbach. In München bleibt nur eine Dienststelle in der Himmelreichstraße 3.

Im Jahr 1957 wird die Arcisstraße in Meiserstraße umbenannt und erinnert an den ersten Landesbischof Hans Meiser.

In der Verfassung werden die oberste Dienst- und Verwaltungsbehörde der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern sowie das Gebäude mit der Bezeichnung „Landeskirchenamt“ versehen. Durch diese Bezeichnung soll die Verwaltungsbehörde erkennbar vom kirchenleitenden Kollegialorgan „Landeskirchenrat“ unterschieden werden.

Bis zu diesem Zeitpunkt war dort das Bayerische Landesentschädigungsamt untergebracht.

In den drei Gebäudeteilen Haus 11, 11 a und 13 sind die rund 300 Mitarbeitenden der sechs Abteilungen untergebracht sowie die Büros des Landesbischofs, der Regionalbischöfin von München und Oberbayern und die Räume der Kirchlichen Informationsverarbeitung.

Von Montag bis Freitag finden täglich um 8.30 Uhr Andachten statt. Sie werden von Mitarbeitenden des Hauses gehalten. Jeder Mitarbeitende – ob Pfarrerin oder Angestellte – darf sich hier einbringen. Für die halbjährlich stattfindenden Mitarbeitendengottesdienste ist die Kapelle zu klein, die Mitarbeitenden feiern dann in der benachbarten St. Bonifaz-Kirche. Dort werden dann die neuen Mitarbeitenden begrüßte, die ausscheidenden Mitarbeitenden verabschiedet.

Mit der Verfassungsreform von 1972 entstanden im Landeskirchenamt drei Hauptabteilungen: A - Personalangelegenheiten, B - Gemeinden und Finanzen und C - Staat/Kirche, Diakonie und Mission, Religionsunterricht, Einrichtungen, Schulwesen. Insgesamt 10 Unterabteilungen wurden so gebündelt. In den Jahren 2000 und 2001 hat eine externe Beratung die Arbeitsfelder geprüft. Die theologischen und juristisch-administrativ-ökonomischen Aufgaben wurden neu ausbalanciert. Das Landeskirchenamt gliedert sich nun in sechs Abteilungen mit Fachreferaten. 

Es weiß sich eingebettet in die historisch gewachsene Stadtlandschaft in einer wechselhaften Geschichte. An verschiedenen Stellen im Haus befinden sich Erinnerungsplätze, die sich mit der Geschichte des Hauses und ihrer Bewohner besonders in der Zeit des Dritten Reichs beschäftigen. So wurde beispielsweise im Jahr 2003 die Gedenktafel für Erika Stone enthüllt, die im Haus Arcisstraße 11 lebte. Die Gedenktafeln sind gut sichtbar angebracht und so auch für Besucher und Gäste einsehbar. Seit vielen Jahren ist das Landeskirchenamt ein Platz für viele Wanderausstellungen, zu denen auch in der außerkirchlichen Öffentlichkeit eingeladen wird.

Voraus gingen umfängliche Diskussionen um den ersten Landesbischof Hans Meiser. Auch in Nürnberg wurde die Bischof-Meiser-Straße umbenannt. Die Stadträte von Ansbach und Bayreuth hingegen stimmten im Jahr 2013 gegen eine Umbenennung. An Bischof Meiser gebe es „respektable Seiten“ und solche, „die uns heute schwer zu schaffen machen“, so Landesbischof Heinrich Bedford-Strohm im Juli 2012. Der Landesbischof sprach sich dafür aus, die Ambivalenz im Verhalten Meisers und anderer Personen der damaligen Kirchenleitung auszuhalten. „Die Einen wollen jede Kritik an Meisers Verhalten wegwischen, andere wollen die Erinnerung an Meiser wegdrücken, indem sie Straßen umbenennen.“ Beides sei keine Lösung, betonte Bedford-Strohm. „Wir können aus diesen Ambivalenzen lernen, indem wir diejenigen besonders würdigen, die Klarheit gebracht haben, indem sie Unrecht auch Unrecht nannten und entsprechend gehandelt haben.“

Der Neubau soll im höchsten Nachhaltigkeitsstandard erstellt werden. 

Der Neubau, der mit dem ursprünglichen Gebäude durch Übergänge verbunden ist, ermöglicht es, Dienststellen, die bisher über das ganze Stadtgebiet verstreut waren, an einem Ort zusammenzuführen. Auf einer Gesamtfläche von 5.700 Quadratmetern und mit 90 Büroräumen bietet er Platz für über 100 Mitarbeitende. 

Für das LKA wurde die Aufgabe formuliert, Organisation und Prozesse zu überprüfen und an die beabsichtigte Stärkung der regionalen Entscheidungskompetenzen anzupassen. Grundsatz ist die Bündelung von Aufgaben, Kompetenzen und Verantwortungen. Dieser Prozess wurde 2022 aufgenommen.